El Museo y el Instituto de Historia de la Ciencia se encuentran el Palacio Castellani, del siglo XIV. El Museo tiene unas 5000 herramientas científicas. Se pueden ver las herramientas de la colección de los Médicis, las de la Academia del “Cimento”, del siglo XIV, que fue la primera institución científica en Italia, los aparatos didácticos del Real Museo de Física e Historia Natural, fundado en 1775, y sobre todo los telescopios que usó el pisano Galileo Galilei para descubrir los satélites de Júpiter.
Además, se han reconstruido modelos a gran escala de los instrumentos que usó Galileo para sus experimentos sobre el movimiento, la aceleración, el peso y la velocidad. Es muy sugestivo ver los globos construidos en Florencia entre los siglos XVI y XVII para estudiar el movimiento de las estrellas y de los planetas.